La Junta General Ejecutiva es el órgano encargado de velar por el buen desempeño y funcionamiento administrativo de los órganos del Instituto de Elecciones. Así como de supervisar la administración de los recursos financieros, humanos y materiales del Instituto de Elecciones.
Se integra por el Consejero Presidente, quien funge como Presidente de la Junta General Ejecutiva, el titular de la Secretaría Ejecutiva y los titulares de las Direcciones Ejecutivas. Todos ellos con derecho a voz y voto.
Asimismo, formará parte de la Junta General Ejecutiva, con derecho a voz y voto, el titular de la Secretaría Administrativa, quien será Secretario de la Junta General Ejecutiva.
La organización y funcionamiento de la Junta General Ejecutiva se regirá por el Reglamento que expida el Consejo General. La Junta General Ejecutiva se reunirá por lo menos una vez al mes. Las sesiones serán convocadas y conducidas por el Consejero Presidente. Sus decisiones se tomarán por mayoría de votos y, en caso de empate, el Presidente tendrá voto de calidad. Los acuerdos de la Junta General Ejecutiva deberán firmarse por el Consejero Presidente y el Secretario de la Junta.
El Secretario de la Junta tiene a su cargo vigilar que se cumplan los acuerdos adoptados por la Junta General Ejecutiva.
Cuando el tratamiento de los asuntos de la Junta General Ejecutiva así lo requiera, podrá solicitarse la intervención de funcionarios del Instituto de Elecciones o invitados especiales, únicamente con derecho a voz.